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Moléculas
En la naturaleza raramente aparecen átomos aislados; sólo los gases nobles (He, Ne, Ar,...) que constan de átomos individuales, no reactivos. Los átomos tienden a combinarse entre sí de varias maneras para formar las distintas sustancias puras: elementos y compuestos. Las unidades que sirven como bloques de construcción de dichas sustancias son las moléculas y los iones.
Moléculas
Dos o más átomos pueden combinarse entre sí para formar una molécula. Por ejemplo el oxígeno (O2) o el nitrógeno (N2), constituidos por moléculas de elementos. Las moléculas de los compuestos están formadas por átomos de diferentes tipos, por ejemplo en el agua o el dióxido de carbono. Los átomos involucrados suelen ser de elementos no metálicos. Dentro de la molécula, los átomos están unidos unos a otros por fuerzas intensas denominadas enlaces químicos.
Las sustancias moleculares se representan abreviadamente mediante las fórmulas, en las que se indica el número de átomos de cada elemento por un subíndice escrito después del símbolo del elemento (si un símbolo de un elemento no lleva subíndice significa que hay un solo átomo del mismo). Así, las fórmulas moleculares para el agua (H2O), amoníaco (NH3) y metano (CH4), se interpretan del siguiente modo:
En la molécula de agua hay dos átomos de hidrógeno y uno de oxígeno. En la molécula de amoníaco hay un átomo de nitrógeno y tres átomos de hidrógeno. En la molécula de metano hay un átomo de carbono y cuatro átomos de hidrógeno. Actividad. Identifica las siguientes moléculas de elementos y de compuestos, arrastrándolas con el ratón al lugar correspondiente y pulsa el botón corregir para comprobar el resultado: 
Bradys

Respuesta:

las moleculas no es mas que la union de dos a  mas atomos unidos entre si por un enlace covalente conservando asi las propiedades fisicas y quimicas de una sustancia .

Mientras que un ion puede ser un atomo(ion monoatomico) o mas(ion poliatomico) con una determinada carga electrica. ya que dependiendo de su electronegatividad puede atraer por fuerzas electromagneticas los electrones  de otro atomo de menor electronegatividad obteniendo asi una carga negativa a lo que llamamos anion. por el caso contrario seria un cation. en definitiva hago enfasis en el numero de electrones varia pero el numero de protones permanece constante durantes estas interacciones moleculares.