Materia es todo aquello que compone los cuerpos.
En tu pregunta sobre sustancia creo que tu inconveniente radica en diferenciar propiedades intensivas y extensivas
Ejemplo propiedad intensiva : Si tenés un pullover rojo y le cortas un pedacito. El pedacito de pullover seguirá siendo rojo sin importar el tamaño ni la cantidad de pullover que tengas. Por lo tanto las propiedades intensivas no cambian con la cantidad ejemplos:color,olor,sabor,punto de ebullición,punto de fusión, etc. Otro ejemplo: el agua hierve a 100ºC en condiciones normales de presión y temperatura. Si tenés una gota hierve a 100ºC y si son 10000 litros tambien hierve a 100ºC. Por lo tanto el punto de ebullición no cambia con la cantidad. Por eso a las sustancias se les reconoce por sus propiedades intensivas porque cada una posee esas propiedades distintas a otra sustancia en al menos un caso.
Las propiedades extensivas en cambio varían con la cantidad. Por ejemplo : el volumen, si tenés una manzana y te morfás un pedazo disminuíste su volumen y también su peso que es otra propiedad extensiva. En este caso cuando cambia la cantidad cambia la propiedad extensiva.
La materia es todo y no se distingue porque forma todo lo que conocés, las sustancias son diferentes entre sí y deben ser diferenciadas. Suerte, espero haber sido de ayuda