El uso de las preposiciones es una de las cosas más complicadas de aprender lenguas, porque cada una les da un uso diferente, por eso NO HAY REGLAS FIJAS. El inglés, por ejemplo, tiene un uso bastante caótico de las preposiciones, así que, desgraciadamente, lo único que nos queda a los pobres estudiantes es memorizar los usos más comunes, que para nuestra desgracia tampoco siguen ningún patrón y son bastante numerosos.
Por regla general se utiliza "in" para indicar que algo está dentro de algo, en contraposición a "on", que normalmente significa "sobre". "At", se usa en contextos muy variados y puede indicar también las otras dos nociones descritas.
Como ves los 3 significan lo mismo... y no hay más en lo que te pueda ayudar yo o cualquiera. Como estudiante de inglés te digo que la única solución es aprender los casos que más aparecen y aplicar tu propia lógica. Y no te preocupes, porque hasta los nativos tienen problemas con las preposiciones.
