Manuel Fernando Bonilla pertenecía a un hogar de medianos recursos. En 1879, cuando estudiaba en el Colegio Nacional Nuestra Señora de Guadalupe, estalló la guerra del Pacífico. Derrotados los ejércitos peruanos en el Sur, los chilenos abrieron la campaña de Lima. La capital peruana se preparó entonces para la defensa. Se formaron dos líneas defensivas en las afueras de Lima: una entre Chorrillos y San Juan, y otra en Miraflores. Profesores y alumnos guadalupanos mayores de dieciséis años se alistaron en la reserva, y siguiendo este ejemplo, Bonilla, que aun no cumplía los trece años de edad, pidió ser también admitido. Al principio fue rechazado por su corta edad, pero tanta fue su insistencia que al fin lo admitieron en el Batallón N° 6, conformado por 280 combatientes que bajo el mando del coronel Narciso de la Colina (un civil uniformado que era abogado, ex diplomático y constructor de ferrocarriles en Tarapacá) tenía como misión la defensa del Reducto N° 3 emplazado en la chacra "La Palma". Este era uno de los siete reductos que conformaban la segunda línea defensiva situada en Miraflores. A Bonilla se le encomendó proveer de municiones a los soldados, aunque su deseo ardiente era estar en la línea de fuego.
