Nació el 26 de octubre de 1959 en el departamento de Oruro en el seno de una familia campesina aimara. En su infancia y su adolescencia trabajó arreando llamas, trasquilando ovejas y como campesino. A los 16 años ya demostraba sus dotes de líder como director técnico del equipo de fútbol de su cantón y como organizador de campeonatos deportivos. Además fue trompetista de la Banda Imperial de Oruro.
Con la relocalización de mineros y la firma del Decreto 21060 en la década de los 80, Morales y su familia migraron al Chapare, en el trópico de Cochabamba. Se inició como dirigente en 1981 siendo secretario de deportes de un sindicato agrario cochabambino; en 1985 fue secretario general de una central campesina, y en 1991 se convertía en líder de la Central Obrera de Cochabamba.
Elegido presidente del Consejo Andino de Productores de Coca en 1993, y en 1994 líder de la Confederación de Productores de Coca del trópico cochabambino, Morales se convirtió en portavoz de los derechos de los productores de coca. En 1997, año en que el ex dictador Hugo Bánzer volvía a la presidencia, participó en las elecciones como candidato de Izquierda Unida (IU) y fue elegido diputado nacional.
Morales abandonó IU y formó en 1999 el MAS (Movimiento Al Socialismo); lideró marchas de los cocaleros a la ciudad de La Paz, y organizó tres fuertes bloqueos campesinos en el Chapare. La «guerra del agua» en abril de 2000, en la que participó junto a otros dirigentes en la expulsión de Cochabamba de la transnacional (Aguas del Tunari, integrada por compañías como la Bechtel) fue vista como la primera gran victoria de las fuerzas antiglobalización contra el modelo neoliberal. Poco después, el gobierno libio de Gaddafi le entregaría su premio más prestigioso, dotado de 48 mil dólares.
A inicios de 2002, por unos enfrentamientos entre militares y cocaleros en la provincia Sacaba (en Cochabamba) el Congreso lo acusa de incitar a la violencia y lo desaforara. Se volvió a presentar como candidato presidencial en las elecciones de junio de 2002. En agosto de 2005, el MAS aprobó por unanimidad la candidatura presidencial de su líder, Evo Morales Ayma.
El 18 de diciembre de 2005, resultó ganador por mayoría absoluta de las elecciones generales. Consciente de su triunfo, dijo ante sus seguidores en la ciudad central de Cochabamba que ha dado comienzo la "nueva historia de Bolivia" y agradeció su victoria a todos aquellos que le han respaldado. Visiblemente emocionado, adelantó que con su triunfo se inicia "la lucha por los recursos naturales para cambiar nuestra historia". "Ya hemos ganado. Aimaras, quechuas, chiquitanos y guaraníes por primera vez somos presidentes", dijo ante los vítores enfervorizados de sus partidarios. Morales hizo un llamado a los movimientos sociales y políticos de Latinoamérica para reconstruir "la patria grande" imaginada por Simón Bolívar y el "Tawantinsuyu" del imperio Inca. Aunque también prometió un gobierno no excluyente que "jamás extorsionará a quien quiera invertir en nuestro país".
El primero en reconocer el triunfo de Morales fue su principal rival en los comicios, el conservador Jorge "Tuto" Quiroga, del Poder Democrático y Social (Podemos). "Felicito pública y abiertamente por su desempeño a don Evo Morales y Álvaro García Linera, candidatos del MAS (Movimiento al Socialismo), por sus resultados electorales", dijo el candidato conservador en un discurso a la nación.
El 22 de enero de 2006, Evo Morales se convirtió en el 65º presidente de Bolivia, el primero indígena, con la promesa de "refundar" la nación más pobre de Sudamérica tras cinco años de inestabilidad política y violentas revueltas populares. Ante una decena de presidentes y jefes de Estado, fue investido por el Congreso un día después de haber sido proclamado líder de los pueblos indígenas bolivianos.
El 1 de mayo del 2006, decretó la nacionalización definitiva los recursos hidrocarburíferos del país. En relación al conflicto árabe-israelí, Evo Morales apoya a los distintos gobiernos árabes o musulmanes de la zona en sus conflictos con Israel, llegando incluso a definir al presidente de Irán, Mahmud Ahmadineyad, como "compañero revolucionario y hermano".
El 10 de agosto de 2008, fue sometido a un referéndum revocatorio junto con ocho prefectos estatales y ratificado en su cargo al obtener el 67% de los votos. El 25 de enero de 2009 el referendo para ratificar la nueva Constitución tuvo una participación del 90,26%. La Carta Magna fue aprobada con 2.064.397 votos, correspondientes a un 61,43% del total.
El 6 de diciembre del 2009 se celebraron elecciones presidenciales y Evo Morales logró la reelección, asumiendo el cargo el 22 de enero del 2010.